自2009年學(xué)術(shù)不端檢測系統(tǒng)得以運用以來，各大高校開啟學(xué)術(shù)論文“查重”工作取得了突破性的進展，學(xué)術(shù)論文抄襲與剽竊現(xiàn)象明顯減少，有學(xué)者調(diào)查得出，2011年至2014年復(fù)制比在0～10%區(qū)間的論文數(shù)量從2011-2012年度的73%上升到2013-2014年度的84%。然而，不可否認的是，高校運用學(xué)術(shù)不端檢測系統(tǒng)進行論文“查重”工作，出現(xiàn)很多亟待解決的問題。 
　　1、學(xué)術(shù)不端行為檢測的時間問題： 
　　對于檢測的時間問題，主要是指高校對學(xué)術(shù)論文“查重”的時間安排是否合理的問題。有學(xué)者指出，67%的高校只檢測一次，在盲審前或者答辯前進行，而30%的高校則在盲審和授予學(xué)位前各檢測一次。從樣本數(shù)據(jù)中可以看出，大部分高校對學(xué)位論文的檢測僅僅在盲審前或者答辯前進行一次。但是在盲審到授予學(xué)位這段時間段內(nèi)，文獻數(shù)據(jù)庫以及學(xué)位論文的內(nèi)容會發(fā)生一定的變化。這段期間內(nèi)，數(shù)據(jù)庫內(nèi)論文文獻的增加和更新可能在一定程度上影響檢測結(jié)果，此外學(xué)生在答辯前或者盲審前檢測結(jié)束后，答辯過程中，學(xué)生可能還會發(fā)現(xiàn)文章中的很多問題，對文章的修改變動性很大，這在一定程度上也影響檢測的效果。 
　　2、學(xué)術(shù)不端行為檢測結(jié)果的判定問題： 
　　首先，各大高校對學(xué)術(shù)論文判定的標準存在很大的差異，部分高校將相似比結(jié)果定位在30%，而另一些高校將其定位在10%或5%，標準不一，缺乏一個科學(xué)的判定標準。此外很多高校對碩士生和博士生的論文判定采用統(tǒng)一的標準，碩士生論文一般要求3-5萬字，而博士生論文則要求8-10萬字，以同樣的比例進行檢測，其重復(fù)的字符可能相差1萬字之多。因此如何對相似比檢測經(jīng)過進行科學(xué)定位，這是一個值得深究的問題。 
　　其次，人文社科類論文和科技論文在寫作方法和文獻的使用過程中存在很大差別，但卻采用相同的判定標準，這種現(xiàn)象存在不合理之處。有學(xué)者指出，科學(xué)研究是建立在大量查閱資料的基礎(chǔ)之上進行的，尤其在人文社科類研究中體現(xiàn)地尤為明顯?？萍颊撐脑趯懽鬟^程中大量使用一手文獻，多是通過實驗研究及相關(guān)理論成果結(jié)合而形成的。但人文社科類論文對資料的調(diào)查和文獻的運用具有很高的要求，尤其是理論性較強的綜述性論文，需要大量二手文獻作支撐的，只有大量引用他人的論點，才能夠支撐其論文的科學(xué)性與邏輯性。然而如果采取與科技論文相同的檢測和判定標準，那么綜述性論文在論文查重過程中就會面臨很大的風(fēng)險。很多畢業(yè)生為了通過檢測而不加引用任何文獻，或者有學(xué)生為了降低重復(fù)率，對文章進行大肆修改刪減，失去其理論依托性。這就脫離了文獻研究，在一定程度上會導(dǎo)致所寫作的論文缺乏理論依據(jù)，是不符合論文的寫作要求的。 
　　3、檢測的效果問題： 
　　TMLC2文獻數(shù)據(jù)庫雖然囊括了學(xué)術(shù)期刊、博學(xué)位論文等多個數(shù)據(jù)系統(tǒng)，但是文獻數(shù)據(jù)仍然是有限的，沒有容納所有的數(shù)據(jù)庫。這就在一定程度上為畢業(yè)生在寫作論文時提供空隙，避開TMLC2的數(shù)據(jù)庫，在其他數(shù)據(jù)庫中尋找參考文獻，以降低論文的重復(fù)率。文獻數(shù)據(jù)庫的不同，導(dǎo)致檢測結(jié)果也存在很大的差別。例如，存在一些學(xué)位論文，在TMLC2系統(tǒng)上總相似比低于30%，但是在其他系統(tǒng)例如萬方論文相似性檢測系統(tǒng)中卻超過40%的現(xiàn)象。因此僅僅依靠TMLC2系統(tǒng)的檢測結(jié)果來評判學(xué)生的學(xué)位論文，存在一定的片面性，并且大大降低了其檢測的效果。