自2009年學(xué)術(shù)不端檢測(cè)系統(tǒng)得以運(yùn)用以來(lái)，各大高校開啟學(xué)術(shù)論文“查重”工作取得了突破性的進(jìn)展，學(xué)術(shù)論文抄襲與剽竊現(xiàn)象明顯減少，有學(xué)者調(diào)查得出，2011年至2014年復(fù)制比在0～10%區(qū)間的論文數(shù)量從2011-2012年度的73%上升到2013-2014年度的84%。然而，不可否認(rèn)的是，高校運(yùn)用學(xué)術(shù)不端檢測(cè)系統(tǒng)進(jìn)行論文“查重”工作，出現(xiàn)很多亟待解決的問(wèn)題。 
　　1、學(xué)術(shù)不端行為檢測(cè)的時(shí)間問(wèn)題： 
　　對(duì)于檢測(cè)的時(shí)間問(wèn)題，主要是指高校對(duì)學(xué)術(shù)論文“查重”的時(shí)間安排是否合理的問(wèn)題。有學(xué)者指出，67%的高校只檢測(cè)一次，在盲審前或者答辯前進(jìn)行，而30%的高校則在盲審和授予學(xué)位前各檢測(cè)一次。從樣本數(shù)據(jù)中可以看出，大部分高校對(duì)學(xué)位論文的檢測(cè)僅僅在盲審前或者答辯前進(jìn)行一次。但是在盲審到授予學(xué)位這段時(shí)間段內(nèi)，文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)以及學(xué)位論文的內(nèi)容會(huì)發(fā)生一定的變化。這段期間內(nèi)，數(shù)據(jù)庫(kù)內(nèi)論文文獻(xiàn)的增加和更新可能在一定程度上影響檢測(cè)結(jié)果，此外學(xué)生在答辯前或者盲審前檢測(cè)結(jié)束后，答辯過(guò)程中，學(xué)生可能還會(huì)發(fā)現(xiàn)文章中的很多問(wèn)題，對(duì)文章的修改變動(dòng)性很大，這在一定程度上也影響檢測(cè)的效果。 
　　2、學(xué)術(shù)不端行為檢測(cè)結(jié)果的判定問(wèn)題： 
　　首先，各大高校對(duì)學(xué)術(shù)論文判定的標(biāo)準(zhǔn)存在很大的差異，部分高校將相似比結(jié)果定位在30%，而另一些高校將其定位在10%或5%，標(biāo)準(zhǔn)不一，缺乏一個(gè)科學(xué)的判定標(biāo)準(zhǔn)。此外很多高校對(duì)碩士生和博士生的論文判定采用統(tǒng)一的標(biāo)準(zhǔn)，碩士生論文一般要求3-5萬(wàn)字，而博士生論文則要求8-10萬(wàn)字，以同樣的比例進(jìn)行檢測(cè)，其重復(fù)的字符可能相差1萬(wàn)字之多。因此如何對(duì)相似比檢測(cè)經(jīng)過(guò)進(jìn)行科學(xué)定位，這是一個(gè)值得深究的問(wèn)題。 
　　其次，人文社科類論文和科技論文在寫作方法和文獻(xiàn)的使用過(guò)程中存在很大差別，但卻采用相同的判定標(biāo)準(zhǔn)，這種現(xiàn)象存在不合理之處。有學(xué)者指出，科學(xué)研究是建立在大量查閱資料的基礎(chǔ)之上進(jìn)行的，尤其在人文社科類研究中體現(xiàn)地尤為明顯?？萍颊撐脑趯懽鬟^(guò)程中大量使用一手文獻(xiàn)，多是通過(guò)實(shí)驗(yàn)研究及相關(guān)理論成果結(jié)合而形成的。但人文社科類論文對(duì)資料的調(diào)查和文獻(xiàn)的運(yùn)用具有很高的要求，尤其是理論性較強(qiáng)的綜述性論文，需要大量二手文獻(xiàn)作支撐的，只有大量引用他人的論點(diǎn)，才能夠支撐其論文的科學(xué)性與邏輯性。然而如果采取與科技論文相同的檢測(cè)和判定標(biāo)準(zhǔn)，那么綜述性論文在論文查重過(guò)程中就會(huì)面臨很大的風(fēng)險(xiǎn)。很多畢業(yè)生為了通過(guò)檢測(cè)而不加引用任何文獻(xiàn)，或者有學(xué)生為了降低重復(fù)率，對(duì)文章進(jìn)行大肆修改刪減，失去其理論依托性。這就脫離了文獻(xiàn)研究，在一定程度上會(huì)導(dǎo)致所寫作的論文缺乏理論依據(jù)，是不符合論文的寫作要求的。 
　　3、檢測(cè)的效果問(wèn)題： 
　　TMLC2文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)雖然囊括了學(xué)術(shù)期刊、博學(xué)位論文等多個(gè)數(shù)據(jù)系統(tǒng)，但是文獻(xiàn)數(shù)據(jù)仍然是有限的，沒(méi)有容納所有的數(shù)據(jù)庫(kù)。這就在一定程度上為畢業(yè)生在寫作論文時(shí)提供空隙，避開TMLC2的數(shù)據(jù)庫(kù)，在其他數(shù)據(jù)庫(kù)中尋找參考文獻(xiàn)，以降低論文的重復(fù)率。文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)的不同，導(dǎo)致檢測(cè)結(jié)果也存在很大的差別。例如，存在一些學(xué)位論文，在TMLC2系統(tǒng)上總相似比低于30%，但是在其他系統(tǒng)例如萬(wàn)方論文相似性檢測(cè)系統(tǒng)中卻超過(guò)40%的現(xiàn)象。因此僅僅依靠TMLC2系統(tǒng)的檢測(cè)結(jié)果來(lái)評(píng)判學(xué)生的學(xué)位論文，存在一定的片面性，并且大大降低了其檢測(cè)的效果。